Od samog početka reformacije protestanti su se dijelili na mnogo raznih tabora i struja, tako da danas postoji više tisuća raznih protestantskih denominacija, između ostalih i sekti, koje sebe nazivaju protestantima.
S gledišta katolika, to izgleda kao crkvena anarhija, gdje se više ne zna ”tko pije i tko plaća”.
Gledano izvana, liči na sukob suprotnih mišljenja i nesloga. Nije čudo što mnogi žale da je došlo do reformacije.
U neku ruku, protestanti se slažu. Bilo bi bolje da je reformacija bila nepotrebna. No, s obzirom na okolnosti, oni smatraju da je ona ipak trebala doći – i pored izgubljenog jedinstva – i zato se na nju sjećaju s radošću. Evo nekoliko argumenata u obranu reformacije:
1) Jedinstvo kršćana se razbilo mnogo prije, godine 1054., kad su se službeno odvojile pravoslavna i katolička crkva. No, prije toga se odvojilo nekoliko monofizičkih i nestorijevskih crkava na istoku, tako da je bilo bar osam nezavisnih kršćanskih vjeroispovijesti u svijetu kada je nastala reformacija.
2) Katolička crkva posjeduje samo organizacijsko jedinstvo. U njezinim okvirima postoji mnogo različitih struja i pokreta kao i u protestantizmu. Razlika je samo u tome što pokreti u katolicizmu nisu posve nezavisni.
3) Mogućnost stvaranja novih nezavisnih denominacija u protestantizmu je omogućila elastičnost prilagođavanju novim kulturama, narodima i novonastalim okolnostima.
4) Ljudi su različiti i imaju pravo da slijede Krista u okvirima svoje kulture i jezika. Velike su podjele Crkve u prošlosti uvjetovane i kulturom. Najprije je došlo do raskola grčke crkve i semitskih crkava istoka. Kasnije je došlo do raskola između grčkog (pravoslavnog) i latinskog (katoličkog) svijeta. Zatim su se germanski narodi, nasuprot latinskima, opredijelili za reformaciju. Prema tome, zahtjev za organizacijsko jedinstvo u čitavom svijetu nije opravdan. Ljudi imaju pravo na vjersko opredjeljenje kao i na političko.
5) Reformacija je morala nastati zbog iskvarenosti srednjovjekovne Crkve. Bilo bi lijepo daje Crkva, kao ljudska organizacija, zadržala apostolski nauk i živjela apostolskim životom. No, nastala je situacija u kojoj se stara institucionalna crkva toliko udaljila od apostolskog nauka i prakse da su ljudi morali izabrati između dvije vrste kontinuiteta: ili će prihvatiti autoritet Crkve kao stare institucije, koja ima povijest, organizacijski, sakramentalni i hijerarhijski kontinuitet s apostolima, ili autoritet Biblije koja predstavlja kontinuitet u nauci i praksi. Reformatori su radije izabrali nauku i praksu.
6) Ovu odluku opravdava činjenica da se Crkva kao ljudska institucija često kvari. Od kad se Juda uvukao u intimni krug Isusovih izabranih, Sotona je uvijek imao svoje predstavnike u okvirima vidljive Crkve, tako da se ona ne može poistovjetiti s nevidljivom. S vremenom, dakle, i najduhovnija Crkva može pasti u ruke neprijatelju. Povijest dokazuje da i Sotona nekad ima svoje predstavnike na najvišim položajima u Crkvi. Reformatori su zato izvukli zaključak da institucija, koja djeluje suštinski suprotno Kristovoj nauci, nema pravo na naslov ”Crkva”, bez obzira na povijesne institucionalne veze.
Ova sveopća sklonost iskvarenju zahtijeva stvaranje novih pokreta koji donose život svakom naraštaju. Ti pokreti neminovno stvaraju svoje organizacijske okvire, jer novo vino traži i nove mjehove. U katoličkom svijetu se stvaraju novi redovnički redovi, dok u protestantizmu nastaju nove denominacije, ali fenomen je isti. Ostaju stare i množe se nove organizacije. Prema tome, bit će ih sve više, s vremenom. To dokazuje da je stvaranje sveopćeg organizacijskog jedinstva vidljive Crkve posve nemoguće.
7) Što ćemo onda s Kristovom svećeničkom molitvom za Crkvu? ”Da svi budu jedno”. Je li ostvarivo? Protestantska je teza da je jedinstvo u nevidljivoj Crkvi već ostvareno. Pravi preporođeni kršćani, koji su otkrili srž apostolske nauke i prakse, prepoznaju se preko svih konfesionalnih, kulturnih i narodnih barijera. Jedno su, jer ih veže jedan Duh u jednom Kristu!
